TY - JOUR A1 - Ndlovu, Hlengisizwe A1 - Ashcroft, Alison E. A1 - Radford, Sheena E. A1 - Harris, Sarah A. T1 - Molecular dynamics simulations of mechanical failure in polymorphic arrangements of amyloid fibrils containing structural defects JF - Beilstein Journal of Nanotechnology PY - 2013/// VL - 4 SP - 429 EP - 440 SN - 2190-4286 DO - 10.3762/bjnano.4.50 PB - Beilstein-Institut JA - Beilstein J. Nanotechnol. UR - https://doi.org/10.3762/bjnano.4.50 KW - amyloid KW - fibril fragmentation KW - steered molecular dynamics (SMD) KW - structural defects N2 - We examine how the different steric packing arrangements found in amyloid fibril polymorphs can modulate their mechanical properties using steered molecular dynamics simulations. Our calculations demonstrate that for fibrils containing structural defects, their ability to resist force in a particular direction can be dominated by both the number and molecular details of the defects that are present. The simulations thereby suggest a hierarchy of factors that govern the mechanical resilience of fibrils, and illustrate the general principles that must be considered when quantifying the mechanical properties of amyloid fibres containing defects. ER - TY - JOUR AU - Chiti, F. AU - Dobson, C. M. JF - Annu. Rev. Biochem. PY - 2006/// VL - 75 SP - 333 EP - 336 DO - 10.1146/annurev.biochem.75.101304.123901 ER - TY - JOUR AU - Cherny, I. AU - Gazit, E. JF - Angew. Chem., Int. Ed. PY - 2008/// VL - 47 SP - 4062 EP - 4069 DO - 10.1002/anie.200703133 ER - TY - JOUR AU - Mankar, S. AU - Anoop, A. AU - Sen, S. AU - Maji, S. K. JF - Nano Rev. PY - 2011/// VL - 2 SP - 6032 DO - 10.3402/nano.v2i0.6032 ER - TY - JOUR AU - Scheibel, T. AU - Parthasarathy, R. AU - Sawicki, G. AU - Lin, X.-M. AU - Jaeger, H. AU - Lindquist, S. L. JF - Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. PY - 2003/// VL - 100 SP - 4527 EP - 4532 DO - 10.1073/pnas.0431081100 ER - TY - JOUR AU - Maji, S. K. AU - Schubert, D. AU - Rivier, C. 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